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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 01.08.2007 | O. Hargreaves | Bayern München | Manchester United | € 25M |
| 01.08.2007 | Breno | — | Bayern München | € 12M |
| 01.08.2007 | H. Salihamidžić | Bayern München | Juventus | Free |
| 01.08.2007 | R. Santa Cruz | Bayern München | — | € 4.4M |
| 06.07.2007 | A. Görlitz | Bayern München | — | Loan |
| 01.07.2007 | Hamit Altıntop | FC Schalke 04 | Bayern München | Free |
| 01.07.2007 | J. Schlaudraff | — | Bayern München | € 1.2M |
| 01.07.2007 | M. Jansen | Borussia Mönchengladbach | Bayern München | € 14M |
| 01.07.2007 | F. Ribéry | Marseille | Bayern München | € 25M |
| 01.07.2007 | J. Sosa | — | Bayern München | € 9M |
| 01.01.2007 | Stefan Maierhofer | Bayern München | — | Free |
| 01.08.2006 | M. Ballack | Bayern München | Chelsea | Free |
| 01.08.2006 | Alou Diarra | Bayern München | Lyon | 6.3M € |
| 01.07.2006 | M. Steinhöfer | Bayern München | Red Bull Salzburg | Loan |
| 01.07.2006 | D. Van Buyten | Hamburger SV | Bayern München | € 8M |
| 01.07.2006 | José Roberto da Silva Júnior | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2006 | P. Guerrero | Bayern München | Hamburger SV | € 2.5M |
| 01.07.2006 | Ł. Podolski | 1. FC Köln | Bayern München | € 10M |
| 01.01.2005 | P. Trochowski | Bayern München | Hamburger SV | € 1M |
| 01.07.2004 | A. Görlitz | — | Bayern München | € 2.5M |
| 01.07.2004 | Z. Misimović | Bayern München | VfL Bochum | Free |
| 01.07.2004 | Lúcio | Bayer Leverkusen | Bayern München | € 12M |
| 01.01.2004 | M. Feulner | Bayern München | 1. FC Köln | € 100K |
| 01.07.2003 | M. Demichelis | — | Bayern München | 5M € |
| 01.07.2003 | P. Lahm | Bayern München | VfB Stuttgart | Loan |
| 01.08.2002 | Alou Diarra | Bayern München | Liverpool | Free |
| 01.08.2002 | M. Ballack | Bayer Leverkusen | Bayern München | € 12.9M |
| 01.07.2002 | José Roberto da Silva Júnior | Bayer Leverkusen | Bayern München | 12M € |
| 01.07.2001 | C. Pizarro | Werder Bremen | Bayern München | € 8.2M |
| 01.08.1999 | R. Santa Cruz | — | Bayern München | € 5.5M |
| 01.08.1998 | H. Salihamidžić | Hamburger SV | Bayern München | Free |
| 01.07.1926 | A. Nübel | VfB Stuttgart | Bayern München | N/A |
| 01.07.1926 | A. Sieb | FSV Mainz 05 | Bayern München | N/A |