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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 01.07.2012 | R. Strebinger | Hertha BSC | Werder Bremen | Free |
| 30.01.2012 | Z. Junuzović | Austria Vienna | Werder Bremen | € 800K |
| 26.01.2012 | F. Affolter | BSC Young Boys | Werder Bremen | Loan |
| 31.08.2011 | F. Hartherz | VfL Wolfsburg | Werder Bremen | € 200K |
| 05.08.2011 | A. Ignjovski | — | Werder Bremen | € 500K |
| 21.07.2011 | S. Papastathopoulos | Genoa | Werder Bremen | Loan |
| 04.07.2011 | A. Wolf | — | Werder Bremen | Free |
| 01.07.2011 | Mehmet Ekici | Bayern München | Werder Bremen | € 5M |
| 01.07.2011 | J. Reisacher | SC Freiburg | Werder Bremen | N/A |
| 01.07.2011 | L. Schmitz | FC Schalke 04 | Werder Bremen | € 900K |
| 01.07.2011 | T. Trybull | — | Werder Bremen | € 200K |
| 01.02.2011 | Samuel Firmino de Jesus | — | Werder Bremen | Loan |
| 31.01.2011 | Predrag Stevanović | FC Schalke 04 | Werder Bremen | 100K € |
| 04.01.2011 | Denni Robin Avdić | — | Werder Bremen | € 2.2M |
| 31.08.2010 | L. Boyce | — | Werder Bremen | N/A |
| 21.08.2010 | Wesley Lopes Beltrame | — | Werder Bremen | € 7.5M |
| 14.07.2010 | S. Wagner | — | Werder Bremen | € 350K |
| 10.07.2010 | L. Balogun | — | Werder Bremen | Free |
| 01.07.2010 | F. Kroos | — | Werder Bremen | € 150K |
| 01.07.2010 | M. Arnautović | Twente | Werder Bremen | € 6.2M |
| 16.01.2010 | A. Abdennour | — | Werder Bremen | Loan |
| 22.07.2009 | T. Borowski | Bayern München | Werder Bremen | € 750K |
| 01.07.2009 | Marko Marin | Borussia Mönchengladbach | Werder Bremen | € 8.2M |
| 01.07.2009 | B. Sanogo | 1899 Hoffenheim | Werder Bremen | N/A |
| 01.07.2009 | S. Husejinović | — | Werder Bremen | N/A |
| 01.01.2009 | J. Ikeng | VfB Stuttgart | Werder Bremen | Free |
| 01.01.2009 | A. Tziolis | Panathinaikos | Werder Bremen | Loan |
| 18.08.2008 | C. Pizarro | Chelsea | Werder Bremen | € 3.5M |
| 01.07.2008 | N. Andersen | — | Werder Bremen | Free |
| 01.07.2008 | Torsten Oehrl | — | Werder Bremen | N/A |
| 01.07.2008 | S. Prödl | Sturm Graz | Werder Bremen | € 2.5M |
| 01.01.2008 | M. Özil | FC Schalke 04 | Werder Bremen | € 4.3M |
| 01.09.2007 | S. Boenisch | FC Schalke 04 | Werder Bremen | € 3.5M |
| 01.08.2007 | B. Sanogo | Hamburger SV | Werder Bremen | € 4.5M |
| 01.07.2007 | N. Pellatz | Hertha BSC | Werder Bremen | Free |
| 01.01.2007 | P. Niemeyer | Twente | Werder Bremen | € 450K |
| 01.07.2006 | P. Mertesacker | — | Werder Bremen | € 4.7M |
| 01.07.2006 | Hugo Almeida | FC Porto | Werder Bremen | Loan |
| 01.07.2006 | Diego | FC Porto | Werder Bremen | € 6M |
| 01.07.2006 | C. Fritz | Bayer Leverkusen | Werder Bremen | Free |
| 26.01.2006 | M. Rosenberg | Ajax | Werder Bremen | € 3M |
| 13.08.2005 | C. Vander | VfL Bochum | Werder Bremen | € 260K |
| 01.07.2005 | Jelle Van Damme | Southampton | Werder Bremen | Loan |
| 01.07.2005 | Naldo | — | Werder Bremen | € 2.4M |
| 01.07.2005 | P. Owomoyela | — | Werder Bremen | € 2M |
| 01.07.2005 | L. Andreasen | Aarhus | Werder Bremen | € 1.5M |
| 01.08.2004 | P. Pasanen | Ajax | Werder Bremen | € 750K |
| 01.07.2004 | D. Jensen | — | Werder Bremen | € 1M |
| 09.01.2004 | Mohamed Zidan | FC Midtjylland | Werder Bremen | € 3M |
| 01.07.2002 | M. Friedrich | FSV Mainz 05 | Werder Bremen | € 2.5M |