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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 02.08.2013 | E. Can | Bayern München | Bayer Leverkusen | € 5M |
| 13.07.2013 | M. Gómez | Bayern München | Fiorentina | € 15.5M |
| 08.07.2013 | M. Riedmüller | Bayern München | Holstein Kiel | Free |
| 01.07.2013 | N. Petersen | Bayern München | Werder Bremen | € 3M |
| 01.07.2013 | D. Jennings | Bayern München | — | € 300K |
| 01.07.2013 | S. Mrowca | Bayern München | — | Free |
| 09.01.2013 | Toni Vastić | Bayern München | Ried | N/A |
| 02.01.2013 | M. Weiser | Bayern München | — | Loan |
| 30.07.2012 | Boy Darryl Deul | Bayern München | — | Free |
| 16.07.2012 | Danijel Pranjić | Bayern München | Sporting CP | Free |
| 03.07.2012 | B. Müller | Bayern München | Fortuna Düsseldorf | Free |
| 01.07.2012 | Ivica Olić | Bayern München | VfL Wolfsburg | Free |
| 01.07.2012 | Cüneyt Köz | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2012 | T. van der Meulen | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2012 | N. Petersen | Bayern München | Werder Bremen | Loan |
| 01.07.2012 | K. Altınay | Bayern München | — | Free |
| 13.02.2012 | Saër Sène | Bayern München | — | Free |
| 28.07.2011 | Deniz Yılmaz | Bayern München | FSV Mainz 05 | Free |
| 04.07.2011 | N. Sansone | Bayern München | Parma | Free |
| 01.07.2011 | Hamit Altıntop | Bayern München | Real Madrid | Free |
| 01.07.2011 | T. Kraft | Bayern München | Hertha BSC | Free |
| 01.07.2011 | A. Ottl | Bayern München | Hertha BSC | Free |
| 01.07.2011 | Mehmet Ekici | Bayern München | Werder Bremen | € 5M |
| 01.07.2011 | Mario Erb | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2011 | M. Álvarez | Bayern München | Eintracht Frankfurt | Free |
| 01.07.2011 | T. Kurz | Bayern München | — | Free |
| 27.01.2011 | C. Knasmüllner | Bayern München | Inter | € 500K |
| 26.01.2011 | Edson René Braafheid | Bayern München | 1899 Hoffenheim | Free |
| 02.01.2011 | D. Alaba | Bayern München | 1899 Hoffenheim | Loan |
| 01.01.2011 | M. Demichelis | Bayern München | Malaga | 3M € |
| 01.01.2011 | M. Rensing | Bayern München | 1. FC Köln | Free |
| 23.08.2010 | J. Sosa | Bayern München | Napoli | € 3M |
| 12.08.2010 | A. Görlitz | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2010 | Mehmet Ekici | Bayern München | — | Loan |
| 01.02.2010 | Edson René Braafheid | Bayern München | Celtic | Loan |
| 03.01.2010 | A. Ottl | Bayern München | — | Loan |
| 03.01.2010 | A. Baumjohann | Bayern München | FC Schalke 04 | € 1M |
| 01.01.2010 | Breno | Bayern München | — | Loan |
| 01.11.2009 | J. Sosa | Bayern München | — | Loan |
| 18.08.2009 | S. Fürstner | Bayern München | — | € 80K |
| 18.08.2009 | M. Grün | Bayern München | — | Free |
| 01.08.2009 | Ł. Podolski | Bayern München | 1. FC Köln | € 10M |
| 22.07.2009 | T. Borowski | Bayern München | Werder Bremen | € 750K |
| 17.07.2009 | Lúcio | Bayern München | Inter | € 7M |
| 04.02.2009 | G. Niedermeier | Bayern München | VfB Stuttgart | € 3.6M |
| 31.01.2009 | T. Kroos | Bayern München | Bayer Leverkusen | Loan |
| 01.08.2008 | S. Wagner | Bayern München | — | Free |
| 02.07.2008 | M. Steinhöfer | Bayern München | Eintracht Frankfurt | € 900K |
| 01.07.2008 | J. Schlaudraff | Bayern München | — | € 2M |
| 01.07.2008 | M. Jansen | Bayern München | Hamburger SV | € 8M |