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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 01.07.2016 | K. Koussou | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | Simon Schurr | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 01.07.2016 | Nikola Gavrić | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 01.07.2016 | S. Rode | Bayern München | Borussia Dortmund | € 15M |
| 01.07.2016 | S. Kurt | Bayern München | Hertha BSC | € 2M |
| 01.07.2016 | P. Weihrauch | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | P. Steinhart | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | N. Della Schiava | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 01.07.2016 | Y. Günzel | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | D. Martinović | Bayern München | RB Leipzig | N/A |
| 14.01.2016 | G. Gaudino | Bayern München | FC ST. Gallen | Loan |
| 07.01.2016 | J. Kirchhoff | Bayern München | Sunderland | € 1M |
| 07.09.2015 | C. Pizarro | Bayern München | Werder Bremen | Free |
| 01.09.2015 | L. Zingerle | Bayern München | — | N/A |
| 31.08.2015 | P. Højbjerg | Bayern München | FC Schalke 04 | Loan |
| 30.08.2015 | Dante | Bayern München | VfL Wolfsburg | € 4.5M |
| 16.07.2015 | E. Schwarz | Bayern München | — | Free |
| 13.07.2015 | B. Schweinsteiger | Bayern München | Manchester United | € 9M |
| 10.07.2015 | R. Strieder | Bayern München | Utrecht | N/A |
| 01.07.2015 | Breno | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2015 | Alexander Kasidit Sieghart | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2015 | G. Leo | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2015 | M. Hingerl | Bayern München | SC Freiburg | Free |
| 01.07.2015 | L. Ramser | Bayern München | FC Augsburg | Free |
| 01.07.2015 | Pepe Reina | Bayern München | Napoli | € 2M |
| 01.07.2015 | M. Eberwein | Bayern München | Borussia Dortmund | N/A |
| 01.07.2015 | M. Weiser | Bayern München | Hertha BSC | Free |
| 01.07.2015 | L. Görtler | Bayern München | — | N/A |
| 08.01.2015 | P. Højbjerg | Bayern München | FC Augsburg | Loan |
| 08.01.2015 | X. Shaqiri | Bayern München | Inter | € 15M |
| 03.01.2015 | Y. Sallahi | Bayern München | — | N/A |
| 01.01.2015 | C. Okoroji | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 17.10.2014 | Etienne Scholz | Bayern München | Grasshoppers | Free |
| 31.08.2014 | J. Green | Bayern München | Hamburger SV | Loan |
| 09.08.2014 | D. Contento | Bayern München | — | € 1M |
| 17.07.2014 | T. Kroos | Bayern München | Real Madrid | € 25M |
| 10.07.2014 | M. Mandžukić | Bayern München | Atletico Madrid | € 22M |
| 01.07.2014 | D. Vrzogic | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2014 | D. Wein | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2014 | L. Raeder | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2014 | Vladimir Rankovic | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2014 | R. Husic | Bayern München | Werder Bremen | € 100K |
| 01.07.2014 | C. Derflinger | Bayern München | Hamburger SV | N/A |
| 01.07.2014 | K. Friesenbichler | Bayern München | Benfica | Free |
| 01.07.2014 | S. Hager | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2014 | D. Chessa | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2014 | A. Schöpf | Bayern München | — | € 400K |
| 01.07.2014 | B. Schmitz | Bayern München | Red Bull Salzburg | Free |
| 01.01.2014 | J. Kirchhoff | Bayern München | FC Schalke 04 | Loan |
| 16.08.2013 | Luiz Gustavo | Bayern München | VfL Wolfsburg | € 17.5M |