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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 01.07.2019 | M. Hummels | Bayern München | Borussia Dortmund | € 30.5M |
| 01.07.2019 | J. Meier | Bayern München | FSV Mainz 05 | € 1.2M |
| 01.07.2019 | A. Fein | Bayern München | Hamburger SV | Loan |
| 01.07.2019 | Jeong Woo-Yeong | Bayern München | SC Freiburg | N/A |
| 30.01.2019 | S. Wagner | Bayern München | — | € 5M |
| 03.01.2019 | F. Evina | Bayern München | Holstein Kiel | Loan |
| 31.08.2018 | Juan Bernat | Bayern München | Paris Saint Germain | € 13M |
| 31.08.2018 | A. Fein | Bayern München | — | Loan |
| 27.08.2018 | S. Rudy | Bayern München | FC Schalke 04 | € 16M |
| 03.08.2018 | A. Vidal | Bayern München | Barcelona | € 18M |
| 01.07.2018 | Marcel Leib | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 01.07.2018 | Fabian Benko | Bayern München | Lask Linz | Free |
| 01.07.2018 | M. Hingerl | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2018 | M. Crnički | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2018 | V. Micheli | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2018 | M. Pantović | Bayern München | VfL Bochum | Free |
| 01.07.2018 | T. Tillman | Bayern München | — | Loan |
| 01.07.2018 | L. Weinkauf | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2018 | M. Wintzheimer | Bayern München | Hamburger SV | Free |
| 01.07.2018 | R. Obermair | Bayern München | Sturm Graz | Free |
| 01.07.2018 | F. Götze | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 01.07.2018 | Douglas Costa | Bayern München | Juventus | € 40M |
| 01.07.2018 | N. Dorsch | Bayern München | 1. FC Heidenheim | Free |
| 01.07.2018 | T. Isherwood | Bayern München | — | N/A |
| 25.01.2018 | M. Friedl | Bayern München | Werder Bremen | Loan |
| 08.09.2017 | Matthias Stingl | Bayern München | SC Paderborn 07 | Free |
| 31.08.2017 | Renato Sanches | Bayern München | — | Loan |
| 28.07.2017 | K. Burger | Bayern München | — | N/A |
| 18.07.2017 | S. Gnabry | Bayern München | 1899 Hoffenheim | Loan |
| 12.07.2017 | Douglas Costa | Bayern München | Juventus | Loan |
| 01.07.2017 | M. Benatia | Bayern München | Juventus | € 17M |
| 01.07.2017 | Enrico Caruso | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2017 | Daniel Shorunkeh-Sawyerr | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2017 | L. Fesser | Bayern München | SC Paderborn 07 | Free |
| 01.07.2017 | S. Bösel | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2017 | Karl-Heinz Lappe | Bayern München | FSV Mainz 05 | N/A |
| 01.07.2017 | D. Hundertmark | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2017 | Tim Häußler | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2017 | E. Öztürk | Bayern München | Kayserispor | N/A |
| 01.07.2017 | G. Gaudino | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2017 | P. Puchegger | Bayern München | Sturm Graz | Free |
| 04.04.2017 | H. Badstuber | Bayern München | VfB Stuttgart | Free |
| 12.01.2017 | H. Badstuber | Bayern München | FC Schalke 04 | Loan |
| 01.01.2017 | J. Green | Bayern München | VfB Stuttgart | € 300K |
| 27.07.2016 | I. Lučić | Bayern München | — | N/A |
| 21.07.2016 | M. Götze | Bayern München | Borussia Dortmund | € 27M |
| 15.07.2016 | M. Benatia | Bayern München | Juventus | Loan |
| 11.07.2016 | P. Højbjerg | Bayern München | Southampton | € 15M |
| 06.07.2016 | M. Strohmaier | Bayern München | FC Vaduz | Free |
| 01.07.2016 | S. Taşçı | Bayern München | — | N/A |