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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 01.07.2015 | J. Kimmich | VfB Stuttgart | Bayern München | € 8.5M |
| 01.07.2015 | S. Ulreich | VfB Stuttgart | Bayern München | € 3.5M |
| 01.06.2015 | J. Green | Hamburger SV | Bayern München | N/A |
| 01.06.2015 | P. Højbjerg | FC Augsburg | Bayern München | N/A |
| 01.09.2014 | S. Kurt | Borussia Mönchengladbach | Bayern München | € 1.1M |
| 29.08.2014 | Xabier Alonso Olano | Real Madrid | Bayern München | 8M € |
| 27.08.2014 | M. Benatia | AS Roma | Bayern München | € 26M |
| 07.08.2014 | Pepe Reina | Liverpool | Bayern München | € 3M |
| 07.07.2014 | Juan Bernat | Valencia | Bayern München | € 10M |
| 01.07.2014 | K. Koussou | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | S. Rode | Eintracht Frankfurt | Bayern München | Free |
| 01.07.2014 | H. Paul | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | P. Steinhart | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | P. Walter | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | I. Lučić | Ried | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | R. Lewandowski | Borussia Dortmund | Bayern München | Free |
| 01.07.2014 | L. Görtler | — | Bayern München | N/A |
| 28.01.2014 | M. Strohmaier | FC Augsburg | Bayern München | Free |
| 15.07.2013 | Thiago Alcântara | Barcelona | Bayern München | € 25M |
| 01.07.2013 | Tobias Schweinsteiger | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2013 | J. Kirchhoff | FSV Mainz 05 | Bayern München | Free |
| 01.07.2013 | M. Weiser | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2013 | M. Götze | Borussia Dortmund | Bayern München | € 37M |
| 29.08.2012 | Javi Martínez | Athletic Club | Bayern München | € 40M |
| 01.07.2012 | C. Pizarro | Werder Bremen | Bayern München | Free |
| 01.07.2012 | T. Starke | 1899 Hoffenheim | Bayern München | Free |
| 01.07.2012 | L. Raeder | FC Schalke 04 | Bayern München | Free |
| 01.07.2012 | M. Mandžukić | VfL Wolfsburg | Bayern München | € 13M |
| 01.07.2012 | Dante | Borussia Mönchengladbach | Bayern München | € 4.7M |
| 01.07.2012 | M. Weiser | 1. FC Köln | Bayern München | € 800K |
| 01.07.2012 | X. Shaqiri | FC Basel 1893 | Bayern München | € 11.8M |
| 16.07.2011 | T. Usami | — | Bayern München | Loan |
| 14.07.2011 | J. Boateng | Manchester City | Bayern München | € 13.5M |
| 13.07.2011 | D. Jennings | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2011 | N. Petersen | — | Bayern München | € 2.7M |
| 01.07.2011 | Rafinha | Genoa | Bayern München | € 5.5M |
| 01.07.2011 | M. Neuer | FC Schalke 04 | Bayern München | € 22M |
| 01.07.2011 | D. Alaba | 1899 Hoffenheim | Bayern München | N/A |
| 01.01.2011 | B. Müller | — | Bayern München | N/A |
| 01.01.2011 | Luiz Gustavo | 1899 Hoffenheim | Bayern München | € 15M |
| 01.07.2010 | Breno | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2010 | T. Kroos | Bayer Leverkusen | Bayern München | N/A |
| 01.07.2010 | T. Kurz | — | Bayern München | Free |
| 01.07.2010 | J. Sosa | — | Bayern München | N/A |
| 28.08.2009 | A. Robben | Real Madrid | Bayern München | € 24M |
| 02.08.2009 | M. Gómez | VfB Stuttgart | Bayern München | € 30M |
| 29.07.2009 | Ivica Olić | — | Bayern München | Free |
| 01.07.2009 | A. Baumjohann | Borussia Mönchengladbach | Bayern München | Free |
| 10.06.2009 | Edson René Braafheid | Twente | Bayern München | € 2M |
| 05.06.2009 | Danijel Pranjić | Heerenveen | Bayern München | € 7.7M |