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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 30.05.2025 | F. Krätzig | 1. FC Heidenheim | Bayern München | Return from loan |
| 03.02.2025 | G. Vidović | FSV Mainz 05 | Bayern München | Return from loan |
| 02.02.2025 | G. Vidović | FSV Mainz 05 | Bayern München | Return from loan |
| 27.01.2025 | J. Urbig | 1. FC Köln | Bayern München | Transfer |
| 01.01.2025 | Bajung Darboe | — | Bayern München | € 1.5M |
| 11.07.2024 | João Palhinha | Fulham | Bayern München | € 51M |
| 07.07.2024 | M. Olise | Crystal Palace | Bayern München | € 53M |
| 01.07.2024 | E. Dier | Tottenham | Bayern München | Free |
| 01.07.2024 | H. Ito | VfB Stuttgart | Bayern München | € 23.5M |
| 01.07.2024 | J. Stanišić | Bayer Leverkusen | Bayern München | N/A |
| 01.07.2024 | Bryan Zaragoza | Granada CF | Bayern München | € 13M |
| 01.07.2024 | A. Sieb | — | Bayern München | € 1.5M |
| 01.07.2024 | A. Ibrahimović | Frosinone | Bayern München | N/A |
| 01.07.2024 | J. Lawrence | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2024 | L. Morrison | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2024 | N. Irankunda | — | Bayern München | € 3.4M |
| 01.07.2024 | M. Krattenmacher | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2024 | Gibson Nana Adu | — | Bayern München | Loan |
| 01.07.2024 | G. Vidović | Dinamo Zagreb | Bayern München | N/A |
| 01.02.2024 | Bryan Zaragoza | Granada CF | Bayern München | Loan |
| 28.01.2024 | S. Boey | Galatasaray | Bayern München | € 30M |
| 11.01.2024 | E. Dier | Tottenham | Bayern München | Loan |
| 25.08.2023 | Daniel Peretz | Maccabi Tel Aviv | Bayern München | € 5M |
| 12.08.2023 | H. Kane | Tottenham | Bayern München | € 100M |
| 18.07.2023 | Kim Min-Jae | Napoli | Bayern München | € 50M |
| 01.07.2023 | M. Sabitzer | Manchester United | Bayern München | N/A |
| 01.07.2023 | Raphaël Guerreiro | Borussia Dortmund | Bayern München | Free |
| 01.07.2023 | K. Laimer | RB Leipzig | Bayern München | Free |
| 01.07.2023 | A. Nübel | Monaco | Bayern München | N/A |
| 01.07.2023 | M. Tillman | Rangers | Bayern München | N/A |
| 01.07.2023 | G. Vidović | — | Bayern München | N/A |
| 31.01.2023 | João Cancelo | Manchester City | Bayern München | Loan |
| 19.01.2023 | Y. Sommer | Borussia Mönchengladbach | Bayern München | € 8M |
| 05.01.2023 | D. Blind | Ajax | Bayern München | Free |
| 29.08.2022 | B. Arrey-Mbi | 1. FC Köln | Bayern München | N/A |
| 26.07.2022 | M. Tel | Rennes | Bayern München | € 20M |
| 19.07.2022 | M. de Ligt | Juventus | Bayern München | € 67M |
| 01.07.2022 | S. Singh | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2022 | R. Gravenberch | Ajax | Bayern München | € 18.5M |
| 01.07.2022 | N. Mazraoui | Ajax | Bayern München | Free |
| 01.07.2022 | C. Richards | 1899 Hoffenheim | Bayern München | N/A |
| 01.07.2022 | S. Mané | Liverpool | Bayern München | € 41M |
| 01.07.2022 | A. Fein | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2022 | J. Zirkzee | Anderlecht | Bayern München | N/A |
| 30.08.2021 | M. Sabitzer | RB Leipzig | Bayern München | € 15M |
| 15.07.2021 | D. Upamecano | RB Leipzig | Bayern München | € 42.5M |
| 01.07.2021 | S. Ulreich | Hamburger SV | Bayern München | Free |
| 01.07.2021 | L. Mai | SV Darmstadt 98 | Bayern München | N/A |
| 01.07.2021 | M. Cuisance | Marseille | Bayern München | N/A |
| 01.07.2021 | J. Zirkzee | Parma | Bayern München | N/A |