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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 31.08.2017 | Renato Sanches | Bayern München | — | Loan |
| 04.08.2017 | K. Okyere Wriedt | — | Bayern München | € 400K |
| 28.07.2017 | K. Burger | Bayern München | — | N/A |
| 18.07.2017 | S. Gnabry | Bayern München | 1899 Hoffenheim | Loan |
| 12.07.2017 | J. Rodríguez | Real Madrid | Bayern München | Loan |
| 12.07.2017 | Douglas Costa | Bayern München | Juventus | Loan |
| 01.07.2017 | M. Benatia | Bayern München | Juventus | € 17M |
| 01.07.2017 | Enrico Caruso | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2017 | Daniel Shorunkeh-Sawyerr | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2017 | L. Fesser | Bayern München | SC Paderborn 07 | Free |
| 01.07.2017 | S. Bösel | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2017 | Karl-Heinz Lappe | Bayern München | FSV Mainz 05 | N/A |
| 01.07.2017 | D. Hundertmark | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2017 | S. Rudy | 1899 Hoffenheim | Bayern München | Free |
| 01.07.2017 | Tim Häußler | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2017 | E. Öztürk | Bayern München | Kayserispor | N/A |
| 01.07.2017 | G. Gaudino | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2017 | C. Tolisso | Lyon | Bayern München | € 41.5M |
| 01.07.2017 | N. Süle | 1899 Hoffenheim | Bayern München | € 20M |
| 01.07.2017 | K. Coman | Juventus | Bayern München | € 21M |
| 01.07.2017 | S. Gnabry | Werder Bremen | Bayern München | € 10M |
| 01.07.2017 | P. Puchegger | Bayern München | Sturm Graz | Free |
| 04.04.2017 | H. Badstuber | Bayern München | VfB Stuttgart | Free |
| 12.01.2017 | H. Badstuber | Bayern München | FC Schalke 04 | Loan |
| 01.01.2017 | J. Green | Bayern München | VfB Stuttgart | € 300K |
| 27.07.2016 | I. Lučić | Bayern München | — | N/A |
| 21.07.2016 | M. Götze | Bayern München | Borussia Dortmund | € 27M |
| 15.07.2016 | M. Benatia | Bayern München | Juventus | Loan |
| 11.07.2016 | P. Højbjerg | Bayern München | Southampton | € 15M |
| 06.07.2016 | M. Strohmaier | Bayern München | FC Vaduz | Free |
| 01.07.2016 | S. Taşçı | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | K. Koussou | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | L. Fesser | 1899 Hoffenheim | Bayern München | N/A |
| 01.07.2016 | Simon Schurr | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 01.07.2016 | Nikola Gavrić | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 01.07.2016 | S. Rode | Bayern München | Borussia Dortmund | € 15M |
| 01.07.2016 | S. Kurt | Bayern München | Hertha BSC | € 2M |
| 01.07.2016 | P. Weihrauch | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | P. Steinhart | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | N. Della Schiava | Bayern München | FC Augsburg | N/A |
| 01.07.2016 | Y. Günzel | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2016 | M. Hummels | Borussia Dortmund | Bayern München | € 35M |
| 01.07.2016 | D. Martinović | Bayern München | RB Leipzig | N/A |
| 01.07.2016 | Renato Sanches | Benfica | Bayern München | € 35M |
| 01.06.2016 | P. Højbjerg | FC Schalke 04 | Bayern München | N/A |
| 01.02.2016 | S. Taşçı | — | Bayern München | Loan |
| 14.01.2016 | G. Gaudino | Bayern München | FC ST. Gallen | Loan |
| 07.01.2016 | J. Kirchhoff | Bayern München | Sunderland | € 1M |
| 01.01.2016 | T. Isherwood | — | Bayern München | N/A |
| 07.09.2015 | C. Pizarro | Bayern München | Werder Bremen | Free |