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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 01.07.2014 | P. Steinhart | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | P. Walter | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | K. Friesenbichler | Bayern München | Benfica | Free |
| 01.07.2014 | S. Hager | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2014 | D. Chessa | Bayern München | — | N/A |
| 01.07.2014 | I. Lučić | Ried | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | A. Schöpf | Bayern München | — | € 400K |
| 01.07.2014 | R. Lewandowski | Borussia Dortmund | Bayern München | Free |
| 01.07.2014 | L. Görtler | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2014 | B. Schmitz | Bayern München | Red Bull Salzburg | Free |
| 28.01.2014 | M. Strohmaier | FC Augsburg | Bayern München | Free |
| 01.01.2014 | J. Kirchhoff | Bayern München | FC Schalke 04 | Loan |
| 16.08.2013 | Luiz Gustavo | Bayern München | VfL Wolfsburg | € 17.5M |
| 02.08.2013 | E. Can | Bayern München | Bayer Leverkusen | € 5M |
| 15.07.2013 | Thiago Alcântara | Barcelona | Bayern München | € 25M |
| 13.07.2013 | M. Gómez | Bayern München | Fiorentina | € 15.5M |
| 08.07.2013 | M. Riedmüller | Bayern München | Holstein Kiel | Free |
| 01.07.2013 | Tobias Schweinsteiger | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2013 | N. Petersen | Bayern München | Werder Bremen | € 3M |
| 01.07.2013 | D. Jennings | Bayern München | — | € 300K |
| 01.07.2013 | J. Kirchhoff | FSV Mainz 05 | Bayern München | Free |
| 01.07.2013 | S. Mrowca | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2013 | M. Weiser | — | Bayern München | N/A |
| 01.07.2013 | M. Götze | Borussia Dortmund | Bayern München | € 37M |
| 09.01.2013 | Toni Vastić | Bayern München | Ried | N/A |
| 02.01.2013 | M. Weiser | Bayern München | — | Loan |
| 29.08.2012 | Javi Martínez | Athletic Club | Bayern München | € 40M |
| 30.07.2012 | Boy Darryl Deul | Bayern München | — | Free |
| 16.07.2012 | Danijel Pranjić | Bayern München | Sporting CP | Free |
| 03.07.2012 | B. Müller | Bayern München | Fortuna Düsseldorf | Free |
| 01.07.2012 | Ivica Olić | Bayern München | VfL Wolfsburg | Free |
| 01.07.2012 | C. Pizarro | Werder Bremen | Bayern München | Free |
| 01.07.2012 | Cüneyt Köz | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2012 | T. van der Meulen | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2012 | T. Starke | 1899 Hoffenheim | Bayern München | Free |
| 01.07.2012 | N. Petersen | Bayern München | Werder Bremen | Loan |
| 01.07.2012 | L. Raeder | FC Schalke 04 | Bayern München | Free |
| 01.07.2012 | M. Mandžukić | VfL Wolfsburg | Bayern München | € 13M |
| 01.07.2012 | K. Altınay | Bayern München | — | Free |
| 01.07.2012 | Dante | Borussia Mönchengladbach | Bayern München | € 4.7M |
| 01.07.2012 | M. Weiser | 1. FC Köln | Bayern München | € 800K |
| 01.07.2012 | X. Shaqiri | FC Basel 1893 | Bayern München | € 11.8M |
| 13.02.2012 | Saër Sène | Bayern München | — | Free |
| 28.07.2011 | Deniz Yılmaz | Bayern München | FSV Mainz 05 | Free |
| 16.07.2011 | T. Usami | — | Bayern München | Loan |
| 14.07.2011 | J. Boateng | Manchester City | Bayern München | € 13.5M |
| 13.07.2011 | D. Jennings | — | Bayern München | N/A |
| 04.07.2011 | N. Sansone | Bayern München | Parma | Free |
| 01.07.2011 | Hamit Altıntop | Bayern München | Real Madrid | Free |
| 01.07.2011 | T. Kraft | Bayern München | Hertha BSC | Free |