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| Date | Player | From | To | Type |
|---|---|---|---|---|
| 02.09.2013 | J. Wurtz | Werder Bremen | SC Paderborn 07 | Loan |
| 02.09.2013 | F. Hartherz | Werder Bremen | SC Paderborn 07 | € 150K |
| 02.09.2013 | M. Arnautović | Werder Bremen | — | € 2.8M |
| 26.08.2013 | N. Füllkrug | Werder Bremen | — | Loan |
| 02.08.2013 | Denni Robin Avdić | Werder Bremen | AZ Alkmaar | € 250K |
| 01.07.2013 | S. Papastathopoulos | Werder Bremen | Borussia Dortmund | € 9.5M |
| 31.01.2013 | F. Trinks | Werder Bremen | — | € 50K |
| 04.11.2012 | S. Boenisch | Werder Bremen | Bayer Leverkusen | Free |
| 29.08.2012 | Denni Robin Avdić | Werder Bremen | PEC Zwolle | Loan |
| 07.08.2012 | M. Rosenberg | Werder Bremen | — | Free |
| 20.07.2012 | Naldo | Werder Bremen | VfL Wolfsburg | € 5M |
| 20.07.2012 | S. Wagner | Werder Bremen | Hertha BSC | € 250K |
| 01.07.2012 | Marko Marin | Werder Bremen | Chelsea | € 8M |
| 01.07.2012 | C. Pizarro | Werder Bremen | Bayern München | Free |
| 01.07.2012 | T. Wiese | Werder Bremen | 1899 Hoffenheim | Free |
| 01.07.2012 | L. Thy | Werder Bremen | FC St. Pauli | Free |
| 01.07.2012 | L. Balogun | Werder Bremen | Fortuna Düsseldorf | Free |
| 16.03.2012 | S. Husejinović | Werder Bremen | — | Free |
| 09.03.2012 | Wesley Lopes Beltrame | Werder Bremen | — | € 6M |
| 24.01.2012 | A. Wolf | Werder Bremen | Monaco | € 1.5M |
| 20.01.2012 | S. Wagner | Werder Bremen | — | Loan |
| 31.08.2011 | P. Mertesacker | Werder Bremen | Arsenal | € 11.3M |
| 29.08.2011 | M. Futács | Werder Bremen | — | Free |
| 12.07.2011 | D. Schmidt | Werder Bremen | Eintracht Frankfurt | Free |
| 09.07.2011 | J. Ikeng | Werder Bremen | — | Free |
| 06.07.2011 | F. Wiedwald | Werder Bremen | — | € 100K |
| 01.07.2011 | Felix Schiller | Werder Bremen | — | Free |
| 01.07.2011 | Kevin Schindler | Werder Bremen | FC St. Pauli | € 150K |
| 01.07.2011 | P. Niemeyer | Werder Bremen | Hertha BSC | € 700K |
| 01.07.2011 | J. Löhden | Werder Bremen | — | Free |
| 01.07.2011 | T. Perthel | Werder Bremen | — | Free |
| 01.07.2011 | P. Testroet | Werder Bremen | — | € 50K |
| 01.07.2011 | P. Pasanen | Werder Bremen | Red Bull Salzburg | Free |
| 01.01.2011 | Hugo Almeida | Werder Bremen | Beşiktaş | € 2M |
| 01.09.2010 | M. Rosenberg | Werder Bremen | Racing Santander | Loan |
| 01.09.2010 | T. Perthel | Werder Bremen | Sturm Graz | Loan |
| 17.08.2010 | M. Özil | Werder Bremen | Real Madrid | € 18M |
| 14.08.2010 | T. Kempe | Werder Bremen | — | Free |
| 13.08.2010 | Torsten Oehrl | Werder Bremen | FC Augsburg | 200K € |
| 09.08.2010 | P. Niemeyer | Werder Bremen | Hertha BSC | Loan |
| 02.07.2010 | M. Harnik | Werder Bremen | VfB Stuttgart | € 300K |
| 01.07.2010 | A. Abdennour | Werder Bremen | — | N/A |
| 01.01.2010 | Torsten Oehrl | Werder Bremen | Fortuna Düsseldorf | Loan |
| 01.01.2010 | Kevin Schindler | Werder Bremen | — | Loan |
| 11.09.2009 | M. Harnik | Werder Bremen | Fortuna Düsseldorf | Loan |
| 19.08.2009 | B. Sanogo | Werder Bremen | Saint Etienne | € 5M |
| 01.08.2009 | N. Pellatz | Werder Bremen | — | Free |
| 01.07.2009 | Diego | Werder Bremen | Juventus | € 27M |
| 01.07.2009 | Kevin Schindler | Werder Bremen | FC Augsburg | Loan |
| 01.07.2009 | A. Tziolis | Werder Bremen | Panathinaikos | N/A |